A resistência aos nematódeos gastrintestinais (NGI) é uma característica de grande importância na ovinocultura, pois infecções parasitárias reduzem a produtividade e comprometem o bem-estar animal. O conhecimento sobre a genômica associada à resistência auxilia na seleção de indivíduos mais adaptados, diminuindo a dependência de anti-helmínticos e contribuindo para sistemas de produção mais sustentáveis. Este estudo analisou corridas de homozigosidade (ROH) para investigar a estrutura genômica de ovinos Santa Inês e identificar regiões potencialmente associadas à resistência endoparasitária. Foram avaliados 638 animais genotipados com o Ovine SNP50 BeadChip (Illumina), considerando fenótipos de resistência obtidos por contagem de ovos por grama de fezes (OPG), volume globular (VG) e coloração da conjuntiva ocular (CCO). As ROH foram identificadas no software PLINK e caracterizadas quanto à frequência, distribuição e impacto na variabilidade genética. A análise revelou predominância de segmentos de ROH pequenos e médios (2–8 Mb), sugerindo histórico de seleção moderada. O cromossomo OAR2 apresentou o maior número de ROH e o OAR25 apresentou a maior frações coberta por ROH, indicando regiões possivelmente sob seleção positiva. Entre os genes mapeados, destacaram se CAVIN2, KIAA2012 e PDIA4, com variantes missense exclusivas em animais resistentes, indicando possível participação na resposta imune contra endoparasitas. A análise de hotspots mostrou 112 SNPs compartilhados entre todos os grupos (resistentes, resilientes e suscetíveis), sugerindo a presença de variantes comuns relacionadas a mecanismos basais de defesa contra parasitas. Também foram identificados SNPs exclusivos em cada grupo, os quais podem estar associados a mecanismos específicos de resposta imune ou susceptibilidade. Os resultados demonstram que a análise de ROH é uma ferramenta eficiente para identificar regiões associadas à resistência aos NGI, oferecendo subsídios para programas de melhoramento voltados a aumentar a produtividade, reduzir custos com medicamentos e promover a sustentabilidade da produção ovina, com ganhos diretos ao produtor.